El principal objetivo que sustentó su establecimiento en Oaxaca en 1987, fue vincular la investigación antropológica, histórica y lingüística al análisis de la compleja dinámica sociocultural de esta entidad, con el fin de proponer estrategias para el reconocimiento de la pluralidad étnica de Oaxaca y el fortalecimiento de las identidades culturales. A veinte años de su creación en Oaxaca y de conformidad con la meta fijada, el CIESAS Pacífico Sur ha venido desarrollando investigaciones y acciones de distinta índole, vinculadas con la problemática étnica a través de su desarrollo histórico, así como la revitalización de las lenguas indígenas de Oaxaca.Se llevó a cabo desde los inicios de la gestión un diagnóstico y un plan de trabajo de corto y mediano plazo, que en lo general se han cumplido con amplitud, al consolidar la institución académicamente en el ámbito del estado de Oaxaca fundamentalmente, aunque a partir del año 2007 se ha tratado de ampliar hacía la región sur de la República Mexicana como es el estado de Guerrero.

Con una visión histórica del desarrollo dela Unidad Pacífico Sur después de 20 años hasta la fecha hemos cumplido con la Misión que nos habíamos planteado: el estudio antropológico, histórico, etnohistórico y lingüístico de los procesos, dinámicas y problemáticas de las sociedades multi étnicas de Mesoamérica en general, y del estado de Oaxaca en particular; con énfasis en las múltiples y cambiantes configuraciones culturales y relaciones de poder en la esfera étnica, de clase, género, raza y nacionalidad.

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